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DNA microscopy法という分子や細胞の位置を、分子間の近接情報のみから再構成することができる新しい方法論について、原著論文とその周辺技術を中心に詳しく話しました。Show notes DNA Microscopy: Optics-free Spatio-genetic Imaging by a Stand-Alone Chemical Reaction…bioRixv (Open Acess) 論文のPDFが入手できます。 DNA Microscopy論文のFigure 1…PodcastではほぼFigure1の説明に終始しているので、これを見ながら…だと理解の助けになるのかもしれない… DNA Microscopy: Optics-free Spatio-genetic Imaging by a Stand-Alone Chemical Reaction…Cell Press. Joshua Weinsteinのセミナー動画 (YouTube)…1st author Joshua Weinsteinが論文には書かれていない背景なども含めてDNA microscopyについてBroad研で発表した動画。 dnamic (GitHub)…DNA microscopyのデータ解析に使われたpythonのコード In-gel PCR…Four-arm PEG acrylateとHS-PEG-SHというポリエチレングリコール (PEG)をPCR反応液に追加することにより、高温下でも分子の拡散を抑えることができる。この液体の中で、Overlap extension PCRが起き、それぞれのUMIは新しいタグを持ちながら増幅され、近接する2つのUMIを持つ分子同士はUEIを受け取りつつ連結される。 Overlapping extension PCR Virtual microfluidics for digital quantification and single-cell sequencing. Nature Methods 2016…In-gel PCRの元論文。 In situ cDNA synthesis…固定した細胞に対しても逆転写酵素とプライマーなどを用いてcDNA合成を行うことができる。これを利用することで、細胞内でRNA分子の配列をその場でシーケンシングするこ