Researchat.fm

バクテリアで35年前に発見されたレトロンと呼ばれる謎の因子の機能に大胆に迫った論文を読みました。Show notes Bacterial Retrons Function In Anti-Phage Defense. Millman et al Cell 2020…これが今回紹介するレトロンの論文です。 細菌の逆転写酵素およびmsDNAの構造と機能 (日本細菌学雑誌, pdf)…日本語で読めるレトロンの機能などに関する総説論文。 逆転写酵素 (Wikipedia) Genomically encoded analog memory with precise in vivo DNA writing in living cell populations. Science 2014…この論文で初めてレトロンの一部の領域が自在に改変でき、大腸菌の集団に外部刺激を記録するツールとして転用された。 Functional Genetic Variants Revealed by Massively Parallel Precise Genome Editing. Cell 2018…この論文ではレトロンを改造し、相同組み替えのドナーDNAをガイドRNAと同時に細胞へ導入する新しいゲノム編集法として転用された。 RNaseH (Wikipedia) 制限酵素についてはエピソード72で詳しく話しました。 ウイルスプラーク (Wikipedia) バクテリオファージT4とT7 Anti-CRISPR protein applications: natural brakes for CRISPR-Cas technologies. Nature Methods…Anti-CRISPRタンパク質に関するレビュー論文。 フレームシフト変異 (Wikipedia) RecBCD (Wikipedia) Ediorial notes Defense islandで宝探しをしよう！ (soh) レトロンって名前がかっこいい。fugafuga-tronっていう名前に憧れる。イントロン、レトロン、ウルトロン(tadasu)

格ゲー初心者脱出のために取り組んだことを話しました。Show notes ストリートファイターV … ストリートファイターシリーズで現状最新作のナンバリングタイトル。今年で稼働５年目。 EVO Japan 2020 CPT … CAPCOM Pro Tour。１年のツアーを通じて最強のストVプレイヤーを決定する（正確にはツアー > トーナメントの順）。今年はオンライン開催で大会も少ないので入門に最適です！ sako選手 … FAVゲーミング所属のプロゲーマー。coelaは大ファン。sako選手のTwitchチャンネル akikiさん … sakoさんの奥さん兼マネージャー。 かりん … 中平正彦先生の漫画「さくらがんばる！」に登場したさくらのライバルキャラクター。ストリートファイターZERO3でプレイアブルキャラクターとして参戦した。 メナト … ストリートファイターVの登場キャラクター。水晶を設置して戦う。かわいい。 メナトの声優 … 悠木碧さん。 沖田さん … 大勝利 ファンネル … ガンダムに登場する無線で遠隔操作可能な兵器。ニュータイプと呼ばれる宇宙に適応したやばい奴らしか使用できない。 インコム … ガンダムに登場する遠隔操作可能な有線兵器。ファンネルをニュータイプでない人で使えるように使いやすくした感じ。ファンネルやインコムを用いた攻撃はオールレンジ攻撃と呼ばれる。 ストリートファイターVのキャラクター使用率 ダルシム … ストリートファイターに登場するキャラクター。手足が伸びて火を吹くインドのヨガの達人。 エドモンド本田 … ストリートファイターに登場するキャラクター。隈取り＋相撲とジャパニーズカルチャーを体現している存在。2020.12現在、ランクマ勝率１位。 スーパー頭突き … エドモンド本田の必殺技。謎の推進力で地面と平行に飛んで頭突きを行う。ちなみに弱スーパー頭突きは「どすこい！」中は「どすこぉぉぉい！」強は「どーすこぉぉい！」。 スーパー百貫落とし … エドモンド本田の必殺技。空からヒップアタックで攻撃する。 ランクマッチ … 近年の格闘ゲームに実装されているモード。勝敗によりポイントが増減し、実力の近いプレイヤー同士が戦えるようになっている。通称ランクマ。 ストリートファイターVのランクマッチ … ルーキー・

学生時代に熱中したゲームの話をしました。Show notes Researchat過去の格闘ゲーム回 … Ep3、Ep34、Ep53(ちょっとだけ)、Ep64(ちょっとだけ） アーケードコントローラー … 通称アケコン。PlayStationやSwitchなどのデフォルトコントローラーとは異なり、レバーとボタンを入力装置とする。 雛形書庫 … Researchat.fmのep53を聴いてパッド勢に切り替わったとのこと。 King of Fightersシリーズ … SNKの格闘ゲーム。シリーズによって若干異なるが、基本的に 3 on 3で対戦するのが特徴。coelaはKOF98を最も遊んだ。 ゲーメスト … 当時あったゲーム雑誌（月刊誌）。 アルカディア … 当時あったゲーム雑誌。ゲーメストの後継誌として発売された。 ギルティギアシリーズ … coelaが中高時代もっともハマった格闘ゲーム。 MARVEL VS. CAPCOMシリーズ … マーベルシリーズのヒーローとCAPCOMのゲームキャラクターが入り乱れて戦う格闘ゲーム。演出が派手派手。「マーヴル・スーパーヒーローズ VS. ストリートファイターシリーズ」からより多くのCAPCOMのキャラが登場する「MARVEL VS. CAPCOMシリーズ」になった。 憲磨呂 … マーヴル・スーパーヒーローズ VS. ストリートファイターのキャラクター。とんねるずの生でダラダラいかせて!!との連携企画で誕生した。声優は木梨憲武さん。 真空波動拳 … ストリートファイターのリュウの超必殺技。 ヴェノム … スパイダーマンのヴィラン。 ジル … バイオハザードシリーズの登場人物 ストライダー飛竜 … 「ストライダー飛竜」からVSシリーズに参戦したキャラクター。ニンジャ。 ナスレバー … 主に海外のアケコンで使われているレバーの形。 ジョジョの奇妙な冒険 … ジョジョの奇妙な冒険の第三部を題材とした格闘ゲーム。続編に「ジョジョの奇妙な冒険 未来への遺産」がある。 私立ジャスティス学園 LEGION OF HEROES … CAPCOMの格闘ゲーム。今度ストリートファイターVに本ゲーム出身の「アキラ」が実装予定。 ぱぷりぃ … coelaが格闘ゲーム大会で使用したリングネーム パプリカ … ハンガリーの特

ペア実験、実験プロトコルと動画、キリのいい数字、人工と天然、書き出し文、オススメされた漫画を読んでいない問題について話しました。Show notes Researchat.fm ep75…“「この分野は専門外なのですが」「この分野は初心者なのですが」等から始まる研究者のはなし方について思うことを言い合いました。 “ Researchat.fmのTwitterアカウント…#researchatfm をつけてつぶやいていただけると対応しやすいです。 Researchat.fmのお便りフォーム…こちらのお便りフォームからもお便りを出していただけます。 Researchat.fm ep82 ペアプログラミングに関するコメント (Twitter)…ep82に関していただいたペアプログラミングに関するコメント。@naoharuさんありがとうございます。 ペアプログラミング (Wikipedia) Googleの哲学…遅いより速いほうがいい。 Bio-Rad…みんな大好きBio-Rad ウェスタンブロッティング (Wikipedia) ウェスタンのゲル…作るのがめんどくさい。失敗しやすい。分子生物学初心者の鬼門。 Nature Protocols JoVE Cookpad クラシル 為末大 (Wikipedia) 進数 (Wikipedia) ウィスキーの熟成スタートアップに関する記事…Bespoken Spiritsという企業 Afineur…コピルアクにインスピレーションをうけ、バクテリアによってコーヒーを発酵させるこで新時代のコーヒーを作るスタートアップ。 龍涎香 (Wikipedia) 青春あるでひど…科学ポッドキャストの先達。知識の引き出しとトークのキレがやばい。アダルト科学相談室。 Big Hall (Wikipedia)…南アフリカ共和国のキンバリーに存在するダイヤモンド採掘のために掘られた穴。 De Beers…デビアス ダイヤモンドの4C…デビアスと4Cについて。 lab grown diamond…lightboxが商標。 デビアスの人工ダイヤモンド … 識者によると同一カラットのダイヤであれば天然ダイヤの1/5程度の値段とのこと。 コラ半島超深度掘削坑…ロシアの穴 マンションポエム … “1000

問題発見と解決のための二分探索の方法、最近買ったソフトウェア、漫画について話しました。Shownotes Rui Ueyama – 自作コンパイラでPythonのtest_utf8_modeテストが通るようにする (Youtube)…二分探索を利用して自作コンパイラにあるバグを修正するライブコーディング。必見。 test_utf8_mode.py (Github) Rui Ueyama – chibiccのコード紹介 (Youtube) chibicc: A Small C Compiler Turing Complete FM…Ruiさんによるポッドキャスト番組。 Bisection method (Wikipedia) GNU Emacs Misreading Chat - CSの論文読んで話をしよう…コンピュータサイエンスの論文を読むポッドキャスト。Sohはこのポッドキャストを昔聞いたときに自分もやりたいと思った。おすすめです。 LevelDB…“LevelDB is a fast key-value storage library written at Google that provides an ordered mapping from string keys to string values” #14 – LevelDB (Misreading Chat) Affinity Designer – Professional Graphic Design Software…買い切りのグラフィックデザイン用のソフトウェア。 Researchat.fmのステッカー Audio Hijack: Record Any Audio on MacOS…Sohはこれを使ってポッドキャストで録音した音をDiscordに流したり、その音を更に録音するのに使っている。 Soundflower…仮想的にチャンネルをたくさん作れる。 LadioCast ローカルとリモートに複数人のゲストがいる場合のポッドキャスト録音 – Researchat.fm Blog 峠鬼 １ (HARTA COMIX) Kindle版 (Amazon) 葬送のフリーレン（１） (少年サンデーコミックス) Kindle版 (Amazon) Editorial notes

カナダの就労ビザ取得あれこれ、海外旅行に行きたい、オフラインとオンラインミーティングの良さ、買いたいゲームなどについて話しました。Show notes IRCC (Immigration, Refugees and Citizenship Canada) 在日カナダ大使館 ファイザーとBioNTech、COVID-19ワクチン候補の国際共同第3相臨床試験ですべての主要な有効性評価項目を達成 天穂のサクナヒメ (ゲーム) ギルティギア (ゲーム) アニメ 鬼滅の刃 (Netflix) 歴代興収ベスト100 興行通信社 シン・エヴァンゲリオン劇場版 Editorial notes さて、今回の収録ではたまきさんが音源の保存に失敗するというミスを起こしたため、アフレコ+鬼編集であたかも会話しているような部分が20分以上あります。みなさんは気づきましたか？？たまきさんは反省してください。(Soh) 反省(coela)

pomeさんをゲストに迎え、TALEN・UCART治療・シングルセル解析・核酸医薬・DNA合成に関する技術と関連のバイオテック企業の動向について話を伺いました。Shownotes Researchat.fm ep79…pomeさんゲスト回前編はこちらです。 TALEN…詳しくはResearchat.fm ep76 Cellectis … Swedenではなく、Franceの企業だったようです。(BB氏訂正ありがとうございました。) CAR-T UCART…Universal Chimeric Antigen Receptor T-cells。”Off-the-shelf”ってかっこいいですね。 T細胞 (Wikipedia) HLA (Wikipedia) NK細胞 (Wikipedia) CD47 (Uniprot) Pfizer Allogene Therapeutics CRISPR (Wikipedia)…Researchat.fmの過去回をお聞きください。Researchat.fm ep76、Researchat.fm ep77など iPS細胞 (Wikipedia) Spatial Transcriptomics 10X Genomics seqFISH FACS (Wikipedia) BioLegend Highly Parallel Genome-wide Expression Profiling of Individual Cells Using Nanoliter Droplets. Cell 2015…InDrop法による１細胞シングルセル解析の元論文 1CellBio Broad Institute アンチセンスRNA 筋ジストロフィー (Wikipedia) 核酸医薬 (Wikipedia) siRNA (Wikipedia) 固相合成 (Wikipedia) 液相合成 T7 (NEB) GenScript TdT (Wikipedia) … 話が途中からDNA合成からRNA合成にすり替わってしまいましたが、RNA合成の基本であるIVT(in vitro transcription)に関してはまたいつか話します。 Molecular Assemblies, In

pomeさんをゲストに迎え、ボストン界隈を中心としたCRISPR関連のバイオスタートアップについて話を伺いました。Show notes Top CRISPR Startup Companies Changing the Future of Biotech and Medicine … CRISPR関連スタートアップまとめ Researchat.fm, ep76 … ゲノム編集特集回 Researchat.fm, ep77 … ゲノム編集特集回 Researchat.fm, ep2 … CRISPR特集回 Researchat.fm, ep77 Researchat.fm, ep47 … SHERLOCKについて話しました。 Boston MIT … マサチューセッツ工科大学。Kendall Station近くに位置する。厳密にはボストン市ではなく、ケンブリッジ市である。 Harvard University … ハーバード大学。こちらもメインキャンパスはケンブリッジ市。Oxford Stに位置する建物もあるため、Oxford St., Cambridgeと住所的には何が何だかわからないところもある。 Boston University … BU University of Massachusetts … UMass Tufts University Berklee College of Music … いつもバークリーなのかバークレーなのかわからなくなる。有名な音楽学校。 NOVARTIS Takeda Biogen Bayer Cell Press … いわゆるCell誌。MIT,ハーバードの目と鼻の先にある。 カリフォルニア州 マサチューセッツ州 ニューヨーク州 ニュージャージー州 Akamai Feng Zhang David Liu Researchat.fm, Ep60 … 培養肉などについて話しました。 GMO …Genetically modified organism Plantedit FAD2 Solive … by Plantedit spCas9 Cas12 Cas13 Inscripta mad7 nuclease Unreal Engine

shiotaさんをゲストに迎え、カナダ、アメリカ、フランスの三ヶ国における留学体験(学部-博士-ポスドク)についてお聞きしました。Show notes Shiotaさん 希少癌NUT Carcinoma発症メカニズムとは、新規治療法発見を目指す … Shiotaさんが特集された記事。途中から有料です。 Massachusetts General Hospital: MGH Brigham and Women’s Hospital オタワ大学留学生用コース … English Intensive Program ESL (English as a second language) カンザス州 オズの魔法使い カンザスシティロイヤルズ コミュニティカレッジ カンザス大学 OPT: Optional Practical Training germ cell … 生殖細胞 エピジェネティクス グルノーブル undergraduate … 学部生のこと。graduateは大学院生のこと。 master … 修士課程のこと Ph.D コース　… 博士課程のこと。日本では学部(4年)->修士(2年)->博士(3年)が想定されている一般的な課程であるが、海外では(日本国内でも)様々なパターンがある。 なかやまきんに君 … なーかーやーまきんにくんです！！！でおなじみきんに君。筋肉ルーレットや、Bon Joviの音楽とともに料理を作るネタなど多数。 ガン免疫 14. Popte-PIWI-c | Researchat.fm … kyonさんがハムスターにおける抗体を作る話をしてくれた回。大学院生共通の悩みがありますね。 68. A primer for homebrew antibody | Researchat.fm … kyonさんによるモノクローナル抗体作成の話 ボストンキャリアフォーラム … いわゆるボスキャリ GRE ヌクレオソーム プロタミン ChIP-Seq ヒストン ヒストンバリアント NUTM1 NUT Carcinoma 転座 sperm injection (ICSI) BRD4 p300 Takao Hensch … You cannot do sc

dessanをゲストに迎え、CRISPRの仕組みを利用した様々な技術や遺伝子回路、これからの発展について話しました。Show notes The Nobel Prize in Chemistry 2020…The Nobel Prize in Chemistry 2020 was awarded jointly to Emmanuelle Charpentier and Jennifer A. Doudna “for the development of a method for genome editing.” Scientifc Background on the Nobel Prize in Chemistry 2020 A TOOL FOR GENOME EDITING…ノーベル財団による詳細なCRISPR研究のレビュー、そしてなぜDoudnaとCharpentierの二人が受賞に値するのかについて説明している。 76. The Chimeric RNA, Researchat.fm…ゲノム編集についてdessanをゲストに迎えて話しました。 A Programmable Dual-RNA–Guided DNA Endonuclease in Adaptive Bacterial Immunity. Science 2012…CharpentierとDoudnaによるノーベル賞につながる論文の一つ。CRISPR–Cas9システムがこの論文によってその大枠が明らかにされた。 Multiplex Genome Engineering Using CRISPR/Cas Systems. Science 2013…Feng Zhang labによるヒト細胞におけるゲノム編集技術の報告。 RNA-Guided Human Genome Engineering via Cas9. Science 2012…George Church labによるヒト細胞におけるゲノム編集技術の報告も同時に掲載された。 First rounders: Feng Zhang (Podcast)…Feng Zhangが出演したNatute Biotechnologyのポッドキャスト。おすすめです。 26. Cool tech googlability, Researchat.fm…RNAを標的にできるCa

dessanをゲストに迎え、CRISPR–Cas9やTALENなどのゲノム編集技術とその背後にある遺伝学について話しました。Show notes The Nobel Prize in Chemistry 2020…The Nobel Prize in Chemistry 2020 was awarded jointly to Emmanuelle Charpentier and Jennifer A. Doudna “for the development of a method for genome editing.” Scientifc Background on the Nobel Prize in Chemistry 2020 A TOOL FOR GENOME EDITING…ノーベル財団による詳細なCRISPR研究のレビュー、そしてなぜDoudnaとCharpentierの二人が受賞に値するのかについて説明している。 Emmanuelle Charpentier…DoudnaとCharpentierは2011年に学会で知り合い、そこからノーベル賞につながる共同研究を開始した。 Jennifer Doudna…CharpentierとともにCRISPRの仕組みを明らかにし、その後のゲノム編集そしてCasタンパクを用いた核酸検出など多大な貢献をした。 2. An emerging technology is always not perfect…始まって間もない第二回でもざっくりとCRISPR–Cas9について解説しました。 dessanが出た過去回のResearchat.fmのエピソード…ep37, ep38, ep51, ep58 37. Biological Enigma … 今回のep67はep37の続編という位置付けなので、分子細胞生物学に興味がある方はep37を聴いてからep76を聴いていただけるとより理解が深まります。 ゲノム編集とはなにか　「ＤＮＡのハサミ」クリスパーで生命科学はどう変わるのか (ブルーバックス) (Amazon) 遺伝学 (Wikipedia) 遺伝学的スクリーニング…逆遺伝学と順遺伝学について。 トランスジェニック動物 表現型 (Wikipedia) Thomas Hunt Morgan (Wikipedia)

「この分野は専門外なのですが」、「この分野は初心者なのですが」等から始まる研究者のはなし方について思うことを言い合いました。Show notes Researchat.fm @Amazon music … Researchat.fmがamazon musicで聴くことができるようになりました。ご登録よろしくお願いします。 料理のステップと人気度に関するツイート … @kenkawakenkenke さんのツイートを引用させていただきました。これを実験に置き換えたら結構良さそう コーヒーの科学 Pokemon GOとガチ勢の定義 ポトフさん … 日本ポッドキャスト産みの親の一人。日本のポッドファーザー。実はTwitterも日本人では十数人目に始めたらしい。たくさんのポッドキャスト番組をやってらっしゃるのでどれをリンクに貼っていのかわかりませんでした… ポトフさんのあれこれ ポトフさんによる24h配信前編 ポトフさんによる24h配信後編 International Podcast Day … ポッドキャストの日、9/30 ポトフさんによるポッドキャストの歴史講座 … 上記の24h配信でポトフさんが語った世界、日本のポッドキャストの歴史 Adam Curry … Podcastの産みの親。ポッドファーザー。 隙間に　sukima ni … 環境音を集めたポッドキャスト Anchor.fm … スマホ一台から始められます。みんなで始めようポッドキャスト スマホ一台だけでポッドキャストをAnchorで始める方法 鈴木裕さんのインタビュー … 鉄拳のプロデューサー原田氏との対談。最高すぎる。 ポッドキャストの始め方 … スマホ一台からサーバーを立ててマイクを買ってやる方法までいろいろあります。はじめられるところからはじめて徐々に環境を整えていきましょう。話したいことがあればそれでいいんです！！！リスナーが一人いればあなたは立派なポッドキャスターなのです。 Editorial notes 自分の音声を編集していると否応無しに自分の口癖とその深層心理と向き合うことになります。「〜ていう感じの」で話してしまうことがとても多い…これもある種の言い切りに対する抵抗の表れといえますね。(soh) 「まぁ、でも…」とか「いや…」とか「だから〜…」から話し始める

ナノレベルの分子構造をDNAシーケンシングから再構成する「DNA Nanoscope」と呼ばれる技術について、原著論文と分野の周辺を紹介しました。Show notes A DNA nanoscope that identifies and precisely localizes over a hundred unique molecular features with nanometer accuracy. (BioRxiv 2020)…今回Sohが紹介する論文はこれ。 研エンの仲…“研究者とエンジニアのカップルが、様々な話題について時にゆるく時に白熱した議論をするPodcast” 論理回路 (Wikipedia) Peng Yen Toehold switch (Wyss Institute) 原子間力顕微鏡/AFM (Wikipedia)…DNA Origamiの構造もAFMによる観察が行われている。 Researchat.fm ep16…光学顕微鏡を使わない新しいイメージングの方法DNA Microscopyや染色体の構造を解析するHi-Cについてはep16で話しました。 Design and self-assembly of two-dimensional DNA crystals. (Nature 1988)…SeemanによるDNA Nanotechnologyの大本の論文。 Folding DNA to create nanoscale shapes and patterns. (Nature 2006)…Paul W. K. RothemundによるDNA Origamiの元論文。 Primer Exchange Reaction…このビデオによる解説がとてもわかり易い。 Programmable autonomous synthesis of single-stranded DNA. (Nature Chemistry 2018)…Primer Exchange Reactionの元論文。 A DNA nanoscope via auto-cycling proximity recording. (Nature Communications 2017)…Auto-cycling proximity recordingの元論文。 Determi

染色体分配時におけるKi-67の機能性に関する論文を紹介しました。Show notes 周期ゼミ Periodical cicadas … 全米における周期ゼミの分布について 論文の縦読み … 同じオーサーの論文を時間軸で読む、論文の縦読みについてはresearchat.fmのep57にて説明しました。 Cuylen-Haering et al., Nature (2020) … “Chromosome clustering by Ki-67 excludes cytoplasm during nuclear assembly” Gerlich et al. Cell (2003) … “Global Chromosome Positions Are Transmitted through Mitosis in Mammalian Cells” Cuylen et al., Nature (2016) … “Ki-67 acts as a biological surfactant to disperse mitotic chromosomes” Samwer et al., Cell (2017) … “DNA Cross-Bridging Shapes a Single Nucleus from a Set of Mitotic Chromosomes” Daniel Gerlich 植物の細胞で染色体が分配される様子 … 1956に撮影されたAfrican Blood Lilyの細胞における染色体分配と細胞分裂の様子。植物には中心体が存在しないので少し動物細胞のものとは趣が異なる。64年前に撮影された動画だが未だ色褪せず様々な洞察を与えてくれる。無染色・ライブセルで行われた驚異的なイメージング。 上記動画に関するツイート … 海外勢もかなりコメントをくれているのがわかる。 体細胞分裂 … prophase->prometaphase->metaphase->anaphase->telophase->cytokinesis。英語だとmitosis DNA複製 遺伝情報 減数分裂 … 英語だとmeiosis HeLa細胞 染色体 核(細胞核) ミトコンドリア … パラサイト・イヴでご存知の方も多いだろう。

NEB社の巨大な製品カタログの楽しみ方、多様な制限酵素の世界とその巧妙な仕組みについて話しました。 第123回　ポッドキャストで語るサイエンスとその魅力(実験医学) NEB…日本語のNEBウェブサイト。NEBはNew England BioLabsの略でした(BioScienceではありませんでした。)大変申し訳ございませんでした。 NEB Literature Portal…カタログのまとめページ。 NEB Catalog & Technical Reference…これがNEBが誇る400ページ超のカタログ！ Eric Lander (Wikipedia) DNA Structure and Classic experiments (Youtube)…Eric Landerの超おすすめなMITの授業動画。見よう！ 制限酵素の基礎知識 (ThermoFisher)…とてもわかり易いのでぜひ。 ファージ (Wikipedia) DNAトポイソメラーゼ (Wikipedia) ニック EcoRI…このエピソードで例として紹介しました。GAATTCという配列を認識して切断する。 回文配列(パリンドローム) DNA ligase…DNA断片同士を連結させることができる。 Gibson Assembly…配列の相補性を利用して２つ以上のDNA断片を試験管内で連結する方法。Dan Gibson博士が作ったのでみながそう呼ぶようになった。彼が自分でつけたわけではない。 DNAメチル化 Talen…ゲノム編集法のうちの一つ。 メタゲノム解析 (Online ISSN : 1881-6681) CasX enzymes comprise a distinct family of RNA-guided genome editors…地下水にすむバクテリアから単離されたCas-X オペロン (Wikipedia) IRES (Wikipedia)…Internal Ribosomal Entry Siteの略 REBASE…制限酵素のデーターベース。 IUPAC Codes - Bioinformatics.org…DNAの縮重塩基はこのように表現されます。 正規表現 Homing endonuclease I-SceI…ホー

ENCODEプロジェクトにおけるサイレンサー探索の論文紹介と現代生物学の複雑性と多様性について話しました。Shownotes ENCODE…ENCODEとはEncyclopedia of DNA Elementsの略！ ENCODE (Wikipedia) ヒトゲノムの機能解明に向けたENCODEの試み (pdf) Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 2001…ヒトゲノム解読の論文。 The Sequence of the Human Genome. Science 2001…ヒトゲノム解読の論文。 ENCODE 4…ENCODEのPhase 4についてはここにaimなどが書いてある。 ENCODE3勉強会…Sohも論文読みをしました。 ENCODE 3 paper collection…ENCODE 3の論文リストはここにあります。 DNase I hypersensitive site (Wikipedia) Systematic identification of silencers in human cells. Nature Genetics, 2020…今回Sohが解説する論文はこれです。　 転写制御因子 (脳科学辞典) … プロモーターやエンハンサー、サイレンサーまわりについて。遺伝子発現とは、遺伝子というDNA上にコードされた情報がいかにRNA、タンパク質として実体を伴って機能するかということであるのだが、この量を調節する機能、とくにDNA->RNAの段階(転写)で調節することを転写制御という。ここで重要となるのがプロモーターやエンハンサー、サイレンサー、さらにはインスレーターなどである。 遺伝子発現制御機構: クロマチン, 転写制御, エピジェネティクス (Amazon) … tadasuはこの本で一度転写周りを勉強しなおしたが、自分が思っていたプロモーターやエンハンサーと実際の定義はかなりズレがあったことを思い知らされた。 STARR-seq (Wikipedia)…ゲノム中に含まれるエンハンサーやプロモーター配列をバーコードと次世代シーケンサーを用いて大量にアッセイする方法の一つ。オリジナルの論文はここ: Genome-Wide Quantitati

現存する伝説の武器について話しました。Shownotes 前回の武器回 researchat.fm ep30 Battle Aura 草薙剣 … 別名天叢雲剣 三種の神器 … 八咫鏡、草薙剣、八尺瓊勾玉。三種の神器といえばKOFを思い出しますね。 一向一揆 THE CELL … 分子生物学における代表的な鈍器の一つ 放射性炭素年代測定 … C14の存在比率で年代測定をする手法 空海 熱田神宮 … 草薙剣の実物が祀られている 三種の神器と贈与税 … 非課税 壇ノ浦の戦い … 草薙剣の形代が一度失われた 聖骸布 古事記 千と千尋の神隠し ポールアレン 十握剣 … 日本神話に出てくる剣。特定の剣を指す言葉ではなく、10束の長さの剣の総称。 天之尾羽張剣 … イザナギが使用した十握剣。カグツチを斬った。 天羽々斬剣 … スサノオが使用した十握剣。ヤマタノオロチを斬った。 八咫烏 ミスティルテイン … 古ノルド語・アイスランド語、スウェーデン語・デンマーク語、ノルウェー語でヤドリギの木を差す。北欧神話でバルドルを殺すのに使用された。 バルドル … 世界中の生物・無生物から傷付けられないはずだったが、ヤドリギの木だけは例外だった。 グラディウス … 古代ローマで使用された剣。特殊の剣を指す言葉ではない。同名の名作シューティングゲームもあります。 ツヴァイハンダー … 剣の種類、特定の剣を指す言葉ではない。 クレイモア … 剣の種類、特定の剣を指す言葉ではない。実は2種類ある。余談ですが同名の漫画もオススメです。 ショーテル … 剣の種類、特定の剣を指す言葉ではない。 ファイナルファンタジーシリーズ … いろんな伝説の武器が登場 ヴァルキリープロファイル … 北欧神話を題材としたプレイステーションの名作ゲーム。フレイ様の「まったく褒められたものではないわね」はトラウマ。リンクはスマホ移植版。 刀剣乱舞 天下五剣　… 童子切・鬼丸・三日月・大典太・数珠丸 映画刀剣乱舞-継承- Fateシリーズ 村正 … 具体的な日本刀の名前ではなく刀工の名前 干将莫耶 … 中国の名剣、並びに製作者の夫婦の名前 ジョワユーズ … シャルルマーニュ伝説でシャルルマーニュが所持していた剣。ルーブル美術館にあります！

kyonさんをゲストに迎え、実験道具のこだわりと誤差、おすすめの餃子、無水料理や料理の楽しみなどについて話しました。Shownotes ピペットマン 知らないの？とバカにされないための正しいピペッティング操作とテクニック … フォワード法だけではなくリバース法も使っていこうぜ！ Gilson Eppendolf レイニン Liquidator 96 Gilson プレートマスター Oリング ピペットチップ LoBindチューブ パラフィルムの上でやる パラフィルムの上でやる2 … Hiroko Bannai先生のツイートを引用させていただきました。 自家蛍光 96穴ガラスプレート MatTek IWAKI Matsunami ピンセットを研ぐ 鍛冶師・憑二斉 … ブラックジャックの研ぎ師 エタノール沈殿あれこれ 無水料理 Cpad社 ドライカレーのレシピ … これを学生の時に食べてびっくりした。そこから真面目にカレーに取り組むようになりました(tadasu)。 「最終的には徹底的に引き算したいんだよね。それが30代カレーの目指すとこです。」 … 上記某氏の名言。結果的にどのようなカレーが出来上がったのか一度お伺いしたい。 カレー ファイナルカレー staub ストウブ (Amazon) … kyonちゃんおすすめのホーロー鍋 バーミキュラ (Amazon) かまどさん電気 かまどさん電気 (Amazon) バルミューダ 3合炊き電気炊飯器 BALMUDA The Gohan hmskさんによるホームブリューイング … 自炊勢も突き詰めるとここまで行くという稀有な例。我々もこの高みを目指していきたい。訪問して是非自ビールをいただきたい。 野生の酵母が異数性に強い理由（というより実験室酵母が異数性に弱い理由）が判明した … 守屋先生による酵母に関する記事。 コーレーグース スヰートポーヅ (食べログ) … 最高の餃子だった。閉店。tadasuとsohは昔一緒に食べに行ったりした。 マルオの醤油 … tadasuが好む醤油 世界のお酒でコーレーグースをつくる OIST(沖縄科学技術大学院大学) … 沖縄にある最先端の大学院大学　本当にすごい！ 萬座 (Amazon)

kyonさんをゲストに迎え、自作のモノクローナル抗体をつくるプロトコルとその魅力について教えてもらいました。Shownotes 抗体 (antibody)…免疫グロブリンの総称。参考ページ:抗体とは (MBLのwebページ)、抗体とは？ (中外製薬webページ) 抗体ガイド 4. ポリクローナル抗体とモノクローナル抗体 (abcamのwebページ) モノクローナル抗体の作り方 (中外製薬webページ) 重鎖・短鎖…抗体を構成する部位。参考ページ: Sigmaのwebページ エピトープ…抗体の抗原認識部位 免疫染色…抗体を用いて目的のタンパク質のみを染めることで可視化する手法。最も一般的なのは蛍光でラベルする蛍光免疫染色 (Immunofluorescence staining) ELISA ウェスタンブロッティング 免疫沈降 (Immunoprecipitation) ミエローマ…マウス骨髄腫由来の細胞株。免疫グロブリン (抗体) を大量に生産する B細胞…免疫機構を担うリンパ球の一種 細胞融合…細胞同士の膜の融合によって、2つの細胞を１つにする技術。細胞は核も融合し染色体数が4倍体になるが、徐々に減少し、あるレベルで安定化し増殖する細胞株となる (実験医学webページより一部改変して抜粋) ハイブリドーマ…B細胞とミエローマが融合した細胞 PIWI family…kyonが研究対象にしている遺伝子。詳細はep.14へGO! アジュバント…ワクチンと一緒に投与することで、免疫効果を高める Hamers-Casterman et al., Nature (1993) … ラクダ科の動物の抗体について初めて報告した論文 蛇毒抗体の人 ポリエチレングリコール (PEG) (Wikipedia) エレクトロポレーション…電気穿孔法ともいう。電流パルスにより細胞に物理的な刺激を与え、細胞膜を一時的に破壊し透過性を上げることで、目的の物質を能動的に入れ込む技術 Neon™ Transfection System … 針みたいなエレポ MIHS法…横浜国立大学の栗原靖之先生のグループが開発したハイブリドーマの作製方法 Editorial notes 完全に余談ですが、実験のやる気がでない日はこの動画が脳内再生されます。Forget

kyonさんをゲストに迎え、自粛期間中の実験動物の飼育、コーヒーの楽しみ方、ツーリングや海底トンネル工事の魅力などについて好き勝手に話しました。Shownotes ゲストのKyonちゃんが最初に登場したのは、エピソード14とエピソード15でした。PIWI-piRNAについては、ep14にてお話ししています。 ハムスター (Wikipedia)…kyonは研究にゴールデンハムスターを使っている クローズドコロニー…個体間の遺伝的な性質にばらつきを残しつつ、集団としては特定の遺伝的形質を示すように維持されている系統のこと。 近交系…個体間の遺伝的差異をできるだけ少なくなるように維持された系統。実験動物（マウス）は基本的に近交系 ショウジョウバエの植え継ぎ…ジエチルエーテルで麻酔をかけたあとに新しい飼育ビンへ移動させる BY4741 (SDG) SK1 (SDG) エチオピア (カレー)…付け合せのジャガイモがうまい Dunkin’…Tadasuが愛するダンキンのアイスコーヒーについては、エピソード12で話しました。 ゲイシャ…コーヒーの品種のひとつで、ゲシャ村で自生していた種が起源となり、本来なら「ゲシャ」と呼ばれるところが「ゲイシャ」と伝わり、そのまま広まったと言われている。エチオピアで発見され、その後コスタリカに渡り、パナマなど中米の各地に植えられるようになった、らしい。丸山珈琲のwebページより一部引用 DeLonghiの全自動コーヒーメーカー 豆から挽けるコーヒーメーカー (無印良品)…kyon愛用の無印良品のコーヒーメーカー ハンドドリップ式コーヒー おいしい淹れ方｜道具・豆量・温度・コツを徹底解説 コーヒーミルの選び方｜電動と手動の違い・購入するメリット・お手入れ Kalita ナイスカットミル (Amazon)…SohとCoela激推しのコーヒーミル。 コーヒーミルの選び方をプロがおすすめ！電動・手動別19選…ナイスカットミルも紹介されている。ちなみにkyonはハンドドリップするとき、ポーレックス コーヒーミルミニを使っています（これも紹介されていた） みるっこDX (Amazon) Ember セラミック製温調マグカップ (Amazon)…CoelaおすすめのUSBで保温できるマグ。 ドリップスケール 堀口珈琲 狛江