Researchat.fm

CRISPR-Cas13システムを用いたプログラマブルなRNA編集技術であるREPAIRとRESCUEの原著論文について紹介しました。Show notes Misreading Chat CS の論文読んで話をしよう…おすすめComputer science系の論文紹介ポッドキャストです。 RNA修飾とは？ 疾患におけるA-to-I RNA編集酵素ADAR1の役割…ADARとRNA編集についてとても詳しくわかりやすい総説記事。 RNA editing with CRISPR-Cas13. Cox et al., 2017 Science…1本目に紹介したADARをdCas13bに融合させA-to-I RNA editingを実現させた。PDFがNCBI Pubmedから無料で読めます。REPAIRv2はoff-target効果がさらに軽減されている。 A cytosine deaminase for programmable single-base RNA editing. OO Abudayyeh et al., 2019 Science…こちらは今年にScienceに掲載された改良版。ADAR2にさらに変異を加えることにより、A-to-IのみならずC-to-U RNA編集が実現され、RESCUEと命名。 Editorial notes RNA editingによって、off-targetによる編集が起きても最悪の事態が回避できるというのはなるほどと唸りました。ただ、Feng Zhang研のネーミングセンスの悪さはどうにかしていただきたい。検索がめちゃくちゃになる (tadasu) バリューのある技術をどのように作っていくのか、という観点からもとても勉強になった論文でした (soh) RNA editingは詳しくないので勉強になった。ここから色んなアプリケーションがつくられていきそうでワクワクする。(coela)

イグノーベル賞(2019)の授賞式に参加してみての感想と、科学エンターテイメントの重要性について話しました。Show notes IgNobel Prize Improbable Research Annals of Improbable Research (AIR) イグ・ノーベル賞とはなんだろう (田口文章) The 29th First Annual Ig Nobel Prize Ceremony (2019) FULL SHOW Marc Abrahams Eric Maskin … ノーベル経済学賞(2007)受賞者 Richard Roberts … ノーベル医学・生理学賞(1993)受賞者 Martin Chalfie … ノーベル化学賞(2008)受賞者 (パンフレットに名前があったものの参加は確認できず) Jerome Friedman … ノーベル物理学賞(1990)受賞者 Roy Glauber …. ノーベル物理学賞(2005)受賞者 Mikhail(Misha) Lukin … Royのほうきを受け継いだ IgNobel関係者まとめ Ms Sweety Poo … 受賞者のスピーチが1分を超えると止めに来る8歳の少女とそのまとめ動画。”Please stop. I’m boared.” Dr. Jim Bredt(human spotlight)が描いた熱力学の漫画 … 銀色の人力スポットライトおじさん、ことDr. Jim Bretが描いた漫画 Jean Berko Gleason … Welcome, welcomeスピーチとGood-bye, good-byeスピーチを担当している女性。そのお茶目さとは裏腹にすごい研究者である。 2019年イグノーベル賞受賞リストとその参考文献 医学賞:ピッツァが病気や死を予防するかもしれない証拠の収集(ただしピッツァはイタリアで作られ、食べられた場合に限る) 医学教育賞: 整形外科手術を行う外科医をトレーニングするために、クリッカートレーニングと呼ばれる動物トーレニングの方法を利用 生物学賞:磁化された死んだゴキブリは、磁化された生きているゴキブリと比べて振る舞いが違うことの発見 解剖学賞:フランス郵便配達員の陰嚢における温度非対称性を、裸と服を着た場合で測定

PCR法の発明者であるKary Mullis博士追悼回。PCRの原理と初期プロトコルやKary Mullisの生涯、爆速DNAポリメラーゼ、DNAを用いたハミルトン経路問題の計算（DNA computing）について話しました。Show notes Kary Mullis (Wikipedia)…PCRの発明者。1993年のノーベル化学賞を受賞 Kary Mullis (Web Site) Kary Mullis: Play! Experiment! Discover!…Kary MullisのTEDプレゼンテーション(2002)。 何か知りたいことがあれば、自分で実験し、観察し、記録し、法則性を見つけよ アイデアから始めよ、自分で試し、ドンドン改良せよ 権威に頼るな (時には必要であるが) 自分の行為に正直でなければならない Sons of Sputnik: Kary Mullis at TEDxOrangeCoast…青春時代、ロケットを作っていた話をKaryが熱心にしている。 Polymerase Chain Reaction: PCR (Wikipedia)…テンプレートDNAから目的領域のDNAを増幅させることができる。分子生物学に必須の基本方法。Denature->Annealing->Extensionのステップを繰り返すことでDNAは指数的に増幅されていく。例えば20回のサイクルではN^20=1,048,576分子に増える。 PCRのトラブルシューティングまとめ Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia…Saiki et al. Science 1985. PCRの最初の論文。現在とプロトコルはほとんど変わっていないが、当時はDNA polymeraseとして、Klenowを用いていたため、温度を上げてDenatureさせた後はKlenowを新しく入れる必要があった (高温になるとKlenowが失活するため)。このため、サイクル反応のたびにどんどん反応容量が増えていき、最終的には14

大谷翔平がボストンにやってきた、架空の人物（ツジモトタロウ、荒川智則、三木・モトユキ・エリクソン等）、メルマガとメーリス、ベトナム旅行記とその魅力、1.5Lを4秒88で飲む男、円城塔とユニコードについて話しました。Show notes 大谷翔平 (Wikipedia) フェンウェイパーク (Wikipedia) … アメリカ最古の球場の一つ。ベーブルースがプレイした現存する球場の一つとされている (残りは神宮、甲子園、草薙、リグレーとされているが資料によりバラバラである)。左翼のグリーンモンスターは圧巻。 北米4大スポーツ (Wikipedia) … 野球(MBL), アメリカンフットボール(NFL), バスケットボール(NBA), アイスホッケー(NHL)からなる。 マー君、レッドソックス戦で歴史的炎上 八村塁 (Wikipedia) 渡邊雄太 (Wikipedia 田臥勇太 (Wikipedia) 三浦浩幸 (Wikipedia) 福藤豊 (Wikipedia) ツジモトタロウ (Wikipedia)…“1974年のNHLドラフトにおいてバッファロー・セイバーズに第11巡指名選手として正式にドラフトされた架空のアイスホッケー選手である。” 二コラブルバギ (Wikipedia) 岡潔 (Wikipedia) 芳賀ゆい (Wikipedia)…伊集院光が伊集院光のオールナイトニッポンでプロデュースした架空のアイドル 電気グルーヴのオールナイトニッポン (Wikipedia)…今、当時の音源を聞いても全く色あせていない。平成新造語などのネタコーナーは極北の一つといっていいだろう。 森達也 (Wikipedia) FAKE (Amazon)…森達也監督。佐村河内事件を追いかけたドキュメンタリー映画。 A (Amazon)…地下鉄サリン事件後のオウムの様子を施設の内部に潜入して撮影したドキュメンタリー映画。 A2 (Amazon)…Aの2.5年半後に撮影が行われたAの続編。 緑川南京 … twitterで調べてみると今でもコメントがでてきます。緑川なんきょうという読み名が正しいらしい。 多重人格探偵サイコ (Amazon)…かなりグロありなので注意。 大塚英志 (Amazon) 木島日記 (Amazon) ルーシー・モノスト

CRISPR-Cas9を用いた一塩基ゲノム編集技術の開発、タンパク質の人工進化、研究開発におけるリスクテイク、フィットネス系のYoutuberについて話しました。Show notes Targeted nucleotide editing using hybrid prokaryotic and vertebrate adaptive immune systems. Science 2016…Target-AID法ではヤツメウナギ由来のCDA1を利用し、C-to-T塩基編集技術が実現された。 Programmable editing of a target base in genomic DNA without double-stranded DNA cleavage. Nature 2016…Target-AID法と同時期にDavid LiuらBroad研究所のチームは、ラット由来のAPOBEC1を使用したC-to-T塩基編集技術を報告した。 Programmable base editing of A•T to G•C in genomic DNA without DNA cleavage. Nature 2017…大腸菌のTadAタンパク質を人工的に進化させ、AからGへのDNA塩基編集酵素を作成したオリジナル論文。自然界には存在しないタンパク質を作出することはプロジェクト上、非常に大きなリスクを伴うものであった。 フラスコ内でタンパクが連続的に進化する, PACE法 (Chem-Station) 指向性進化法 Directed Evolution. (Chem-Station) Increasing the genome-targeting scope and precision of base editing with engineered Cas9-cytidine deaminase fusions. Nature Biotechnology 2017…野生型のrAPOBECに3アミノ酸の変異を導入することにより、2bp程度の非常に狭い範囲のCをTに変換する酵素 BE3-YEEが開発された。 Ep. 10: Alexis Komor & Nicole Gaudelli, base editing’s tenacious duo. GuidePost…BE3とABE

顕微鏡ワークショップへの参加、技術継承と研究コミュニティーの重要性、研究者の生産性、色が変わる機能性タトゥー、ゴールデンラッキーについて話しました。Shownotes 2-36進数自動変換…21進数 0123456789ABCDEFGHIJK Unicodeの拡張…平成などの元号は、unicodeでは一文字の合成文字として表現できるように定義されている。㍻(U+337B)や㍼(U+337C)など。ちなみに令和の元号が新たに制定された今年、unicodeにも合字の令和を追加しようとしたが、すでに㍾の隣が㍿で取られているので、未定義領域のコードポイントU+32FFが令和の合字に追加された。 新元号　令和（れいわ）の文字コードについて The Unicode Consotiumによる令和の合字アナウンス (Twitter) キロリットル…UnicodeではU+3398が㎘に割り当てられている。 圧倒的に生産性の高い人（サイエンティスト）の研究スタイル … 安宅和人さんのブログ記事。文章を通して人の人生を変えられるのは本当にすごい。イシューからはじめよの元になっている。これについては追々どこかのエピソードで話す予定です。 イシューからはじめよ (Amazon) 安宅和人 coelaの参加した顕微鏡のワークショップ…ep10でも自作顕微鏡について話した。 共焦点レーザー顕微鏡 Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP) & Fluorescence Loss In Photobleaching (FLIP) Fiji…“a “batteries-included” distribution of ImageJ, bundling many plugins which facilitate scientific image analysis.”とあるようにあらかじめ様々な画像解析のアルゴリズムを含んだ画像解析ソフトウェア。 情報通信研究機構は日本標準時 (NICT)…NICRは日本標準時JSTを決めているが、その建物の時計は前後にずれており、NICT時間と呼ばれているらしい。 免疫染色 ブロッキング剤 Point Spread Function (PSF) Dunning–Kruger eff

瀬戸内海の島々（直島・女木島・男木島・豊島・犬島)、高松市をめぐる旅とアート、建築の魅力についてたっぷり話しました。Shownotes 瀬戸内国際芸術祭 公式サイト 豊島事件 (豊島・島の学校) 地中美術館 公式サイト ベネッセハウス ミュージアム 四国汽船時刻表…瀬戸内芸術祭のための時刻表。 高松市レンタルサイクル… レンタルサイクル。一日100円で借りられる。高松の旅には必須。 直島 観光旅サイト 直島町観光協会公式 モネの部屋、地中美術館とオランジュリー美術館 やまでら くみこ のレシピ 安藤忠雄 (Wikipedia) … 建築家。地中美術館、南寺をデザイン。 イサム・ノグチ (Wikipedia) 庵治石 巡回セールス問題 (Wikipedia) ウォルター・デ・マリア (Wikipedia) ジェームズ・タレル (Wikipedia) ローデンクレーター CoeLux 家プロジェクト 南寺 Kraftwerk: Numbers 護王神社…裏から下に入れます。 栗林公園 イサム・ノグチ庭園美術館…イサム・ノグチを香川につれてきたのも猪熊弦一郎である。ここにも猪熊氏の手腕が光る。イサム・ノグチと丹下健三の関係性については広島平和記念公園のコンペについて調べていただきたい。 丸亀市猪熊弦一郎現代美術館 丹下健三 (Wikipedia) 香川県庁 (Wikipedia)…丹下健三の建築。当時の金子正則知事に猪熊弦一郎が丹下健三を紹介した。(猪熊が仕組み、高松行きの客船で金子と丹下が隣の席になったとどこかで読んだ気がする。) 香川県庁の建築について… この記事に当時の情報が詳しい。上記の猪熊氏、金子氏、丹下氏の情報も詳しい。 瀬戸内のアートディレクターはあの猪熊弦一郎だった！…奇しくも同じ結論にたどり着いた記事を見つけたので掲載しておく。猪熊弦一郎、イサム・ノグチについてはチャンスがあればまたどこかで話したい。 華ひらく…猪熊弦一郎氏によってデザインされた、日本の百貨店初のオリジナル包装紙「華ひらく」。Mitsukoshiの字は当時三越宣伝部の社員だった漫画家、やなせたかしさんによるもの。 金子正則…元香川県知事 丸亀町商店街…丸亀町商店街は全国の商店街復興のシンボルとなっている。 日本

Elon MuskがオーナーをつとめるNeuralinkがbioRxivに発表した論文と発表イベントの内容、Brain Machine Interfaceを含む脳情報関連技術の動向について話しました。Shownotes Neuralinkまとめ (Researchat’s Blog) … 今回の情報をブログにまとめました。こちらをご覧ください。 An integrated brain-machine interface platform with thousands of channels (BioRxiv) … Musk and Neuralink, bioRxiv 2019 今回のNeuralinkの発表とともに公開。メイン論文。科学研究論文というよりは企業が公開するホワイトペーパーという形態である。 The “sewing machine” for minimally invasive neural recording … Hanson et al. bioRxiv 2019 2019年の3月にUCSFから発表されていた論文。ラストオーサーのPhilip Sabesは現在NeuralinkのSenior Scientist。今回の発表の根幹を担う技術についてかなり詳しく述べられている。発表時にNeuralinkとの関係は示されていない。 Neuralink Launch Event … Neuralinkの発表。Elon Mask-> Max Hodak-> Matt Mcdougall -> Vanessa Tolosa-> DJ Seo -> Philip Sabes -> 質疑応答 (発表内での順番) Neuralink Elon Musk … シリアルアントレプレナー BMI (Brain Machine Interface:ブレイン・マシン・インタフェース)…他にもBrain Computer Interface(BCI)、Direct Neural Interface、Mind Machine Interface(MMI)などとも呼ばれるケースもある。 情報通信海外技術動向(NICT)…国立研究開発法人情報通信開発機構(NICT)がまとめている各種報告書。 米国における脳情報関連技術に関する研究開発動向…米国におけるBMI

DNAに大容量のデジタルデータを書き込む技術を開発したベンチャーとその周辺技術、シリコンバレーで巨額の投資を受けたTheranosの一連の顛末を取り上げ、バイオ系ベンチャーにおける技術開発の難しさ、格ゲーの大会の盛り上がり、おすすめの映画とマンガについて話しました。Show notes CATALOG…ボストンにあるDNAデータストレージ技術を開発しているベンチャー。 Startup packs all 16GB of Wikipedia onto DNA strands to demonstrate new storage tech…CATALOGは、16GBのwikipediaの全データをDNAに書き込んだと発表した。 Some good news from CATALOG (社内ブログ)…CATALOGの開発チームが最初のPOC実験によって、1kbのデータを初めて書き込むことに成功したときの興奮が伝わってくる。 Random access in large-scale DNA data storage. Nature Biotechnology, 2018…Microsoft社により開発されたDNAストレージ技術。DNAマイクロチップ上に合成された数十万種類のDNAにはデータの他にそのデータブロックを示す番地情報が同時に付与されている。この番地情報に相補的なDNA配列をプライマーとして利用することでPCRによってランダムアクセスを実現した。この手法により、200MB程度の動画データの読み書きがデモされた。 Next-Generation Digital Information Storage in DNA. Science 2012…Sriram KosuriとGeorge Churchらによるoligo chip synthesisを用いた最初のDNAデータストレージ論文。この研究では、PIでありながらもGeorge Churchはベンチに立ち、ピペットを握り実験したんだよと以前SriはSohに話してくれた。ちなみにSriはUCLAでPIとして独立後、Octantという製薬のベンチャーを立ち上げた。 パリティチェック (誤り訂正)…DNAデータストレージの場合は、合成や読み出し時のPCRやシーケンスのエラーなどを考慮し、補正する必要がある。 ランダムアクセス (Wikiped

カルビーの新ジャガイモ・ぽろしりの凄さ、個体サイズと染色体数・細胞数の関係性、バオバブバー閉店、世界の武器、象、ゲーム開発や研究における職人技について話しました。Show notes ぽろしり…品種改良によって新しく誕生したぽろしりについて ぽろしりの開発…カルビーにおける馬鈴薯の開発について 倍数体…染色体数の倍数性を持つ個体のこと。2nより大きい3n, 4n, 6n, 8n, 12nなどの染色体数をもつ倍数体のことを多倍体と一般的に呼ぶ Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome…小麦ゲノムの解読に関するサイエンスの論文 トランスポゾン 動く遺伝因子とトウモロコシ　～深ーい研究の歴史と現在～ POLYPLOIDY IN THE SALAMANDER, EURYCEA BISLINEATA …Fankhauserによるサラマンダーの実験 (1939年) コモドオオトカゲ Nucleus-to-cytoplasm ratio Genome evolution in the allotetraploid frog Xenopus laevis…アフリカツメガエルのゲノム解読に関する論文 Xenopus ruwenzoriensis…ウガンダツメガエル。脅威のdodecaploidy(12n、十二倍体)の染色体を持つ。染色体数の記述としては2n=108。 The fate of duplicated immunity genes in the dodecaploid Xenopus ruwenzoriensis.…貴重な写真付き。ウガンダツメガエル(2n=108)と他のアフリカツメガエルの比較あり。Xenopus tropicalis(二倍体, 2n = 20)とは近い大きさ。Xenopus laevis (異質四倍体, 2n = 36)の方が大きい。ただ、ポッドキャスト内で話したようにおたまじゃくしの大きさを比較した方が、発生生物学的には意味がある(成体はどんどん成長してしまうので)。 異質倍数体… 2種類以上のゲノムで構成されている倍数体。 パラケルスス…鋼の錬金術師の主人公のファミリーネーム「ホーエンハイム」もパラケ

DNA microscopy法という分子や細胞の位置を、分子間の近接情報のみから再構成することができる新しい方法論について、原著論文とその周辺技術を中心に詳しく話しました。Show notes DNA Microscopy: Optics-free Spatio-genetic Imaging by a Stand-Alone Chemical Reaction…bioRixv (Open Acess) 論文のPDFが入手できます。 DNA Microscopy論文のFigure 1…PodcastではほぼFigure1の説明に終始しているので、これを見ながら…だと理解の助けになるのかもしれない… DNA Microscopy: Optics-free Spatio-genetic Imaging by a Stand-Alone Chemical Reaction…Cell Press. Joshua Weinsteinのセミナー動画 (YouTube)…1st author Joshua Weinsteinが論文には書かれていない背景なども含めてDNA microscopyについてBroad研で発表した動画。 dnamic (GitHub)…DNA microscopyのデータ解析に使われたpythonのコード In-gel PCR…Four-arm PEG acrylateとHS-PEG-SHというポリエチレングリコール (PEG)をPCR反応液に追加することにより、高温下でも分子の拡散を抑えることができる。この液体の中で、Overlap extension PCRが起き、それぞれのUMIは新しいタグを持ちながら増幅され、近接する2つのUMIを持つ分子同士はUEIを受け取りつつ連結される。 Overlapping extension PCR Virtual microfluidics for digital quantification and single-cell sequencing. Nature Methods 2016…In-gel PCRの元論文。 In situ cDNA synthesis…固定した細胞に対しても逆転写酵素とプライマーなどを用いてcDNA合成を行うことができる。これを利用することで、細胞内でRNA分子の配列をその場でシーケンシングするこ

kyonさんをゲストに迎え、競馬の楽しみ方、サラブレッドの血統と遺伝学、バレエの魅力、サイエンスと芸術の共通点、直島・地中美術館のモネの部屋などについて話しました。（ゲスト：kyon）Show notes サラブレッド (Wikipedia) 馬のふるさと、日高｜初めての方におすすめの観光スポット10選…kyonは毎年夏休みに、札幌から日高で牧場めぐりや乗馬や温泉→襟裳岬→帯広でばんえい競馬をドライブしながら楽しんでいる にいかっぷホロシリ乗馬クラブ…kyonは毎年ここでサラブレッドに乗っている 新冠温泉レ・コードの湯…ここの温泉は泉質もよく、オーシャンビューで景色もとてもよい。日帰り入浴も可能なのでオススメ。 牧場見学ガイド (競走馬のふるさと案内所) 「中央競馬」と「地方競馬」の違い 中央競馬 JRA(日本中央競馬会)ホームページ はじめての方へ -JRAホームページ JRAビギナーズセミナー -JRAホームページ…競馬場で競馬を見たいけどはじめてでよくわからない…という方にオススメ。現地で開催しているセミナーです。 地方競馬 ばんえい競走…帯広で開催される地方競馬。サラブレッドではなく「ばん馬」が1トン近くあるそりを引いて障害をこえる、全く異なる種類の競馬である。伴走しながら応援できるのも見どころ。 飛行機で馬が運ばれるときは…中の様子はこんな感じ (らばQ) 馬のパスポート 香港の競馬 (Wikipedia) シンガポールの競馬 (Wikipedia) ドバイワールドカップ (Wikipedia) 菊次郎の夏 (Amazon)…北野武の映画のなかでも素晴らしい作品の一つ。毎年夏になると必ず見たくなります。 UMAJO (ウマジョ) ガンダムとJRAのコラボ…coelaはガンダムエクシアが馬に乗ってる絵が一番シュールで好き。 ゴッドガンダム…機動武闘伝Gガンダムには風雲再起という「モビルホース」が出てくる。もちろん操縦は馬がしている。 JRAxポプテピピック 三大始祖 Genome sequence, comparative analysis, and population genetics of the domestic horse. Science 2009…サラブレッドの全ゲノムシーケンス論文 馬ゲノ

kyonさんをゲストに迎え、生涯学習、トランスポゾンを抑制するpiRNA研究の最前線の動向、ハムスターなど動物を用いた研究の醍醐味とその難しさ、コーヒー豆の焙煎、モノクローナル抗体の自作、美しい実験結果を求める姿勢などについて話しました。（ゲスト：kyon）Show notes The ALLPATHS-LG assembly of Golden Hamster (Mesocricetus auratus) (ハムスターゲノム)… MIT (Broad institute) でシークエンス、アセンブルされたゲノム情報。結構高品質に繋がっているが、約20%がギャップ (N) であるため解析には向いていない。kyonは共同研究を通してゲノムを決め直している。 CHO細胞…Chinese Hamster Ovary (CHO)細胞はタンパク質の発現などで頻繁に用いられる細胞株の一つ。 SUZUKI DRZ400SM ヤマハ・ビラーゴ/YAMAHA Virago250 生涯学習 Harvard extension school…生涯学習向けのハーバードの講座。様々なレベルの授業が用意されている。多くの授業がオンラインで受けられる。 アメリカのChild careの価格…これはボストン周辺の価格であり、他の都市では異なる。例えば2-3歳児については週5日、フルタイムで預けると月$2,135、23万円程度である。 2-body problem…夫婦などのパートナーがともに科学者としてのキャリアを形成する際、同じ場所（大学や研究所など）でともに職を得ることが非常に難しい場合が往々にしてあり、これを2-body problemと呼ぶ。日本ではほとんど聞かないが、北米などでは夫婦でアプライできるPIポジションなどがある。 制限酵素の自動販売機…写真のように酵素が自販機で買えるの羨ましい。 やなか珈琲…今日はここのエチオピア シダモ・アラングァディの浅煎り (ミディアムロースト) と深煎り (フレンチロースト) の豆を頂いた。次回にレビューします。 コーヒーの保存法 藤本健二…北朝鮮の最高指導者・金正日の元・専属料理人。今はピョンヤンに日本料理屋があるらしい… フィッシャーの正確確率検定 ゴールデンハムスター… ハム太郎はゴールデンハムスター。 ジャンガリアン ハム太

撤回された論文の再掲載、おすすめのアメコミ映画、テトリス、植物など長期に及ぶ観察や研究の難しさ、実験室での進化実験、種の起源、マンガについて話しました。Show notes Nature誌でretractionされた論文が再びNatureに掲載されたときのエディターのツイート Asia’s glaciers are a regionally important buffer against drought. Nature 2018…アジアにおける氷河が干ばつに対して重要な役割を担っている、という再掲載された気象学の原著論文。 シンソール (Wikipedia)… 美容やボディビルの目的のために使われる合成油脂。使い過ぎると危険なので注意が必要。シンソールにより、ポパイのようないびつな筋肉を作る人たちが最近は存在する。ポッドキャスト内では、表現などに少し配慮が足りなかったと反省しております。画像検索するとシンソールユーザーがの画像がヒットしますが、閲覧要注意です。 Arnold Strongman Classic… シュワちゃんが開催している最強の男を決めるコンテスト。 2019 Arnold Strongman Classic, Rogue Wheel of Pain… シュワちゃんが初主演したコナン・ザ・グレートに登場するWheel of Painを再現したもの。総重量9000kg。 マッドマックス怒りのデス・ロード (Wikipedia)… coelaとtadasuにとって最高の映画。[Amazon Video] マーベル・コミック (Wikipedia) DCコミックス (Wikipedia) MCU:マーベル・シネマティック・ユニバース (Wikipedia) ダークナイト(映画) 東映スパイダーマン (Wikipedia) ヒョウタンツギ… 手塚治虫先生のスターシステムとして登場するキャラクターといえばヒョウタンツギ。 ヒョウタンツギファミリー… スパイダー、ブタナギ、ロロールル、ママー、ブクツギキュ。見たことあるような、ないような。 スパイダーマン:スパイダーバース (Wikipedia) … [Amazon Video] スパイダーハム(Spider Ham) (Wikipedia)… 心なしかヒョウタンツギに酷似している気がする。

ボストンのコーヒー事情、コーヒーのこだわり、希少性の高い食品や物の価値、地球温暖化の原因、お便り機能の実装、おすすめの本紹介、書店や図書館の魅力、科学研究におけるデータ共有の難しさ、オープンソース化されたコーラの作り方などについて話しました。Show notes Corne CHerry (自作キーボード) 蔦屋 六本木 Blue bottle coffee Dunkin’ サードウェーブ、セカンドウェーブコーヒー (Wikipedia) すきやばし 次郎… いつか行ってみたい。豊洲の次郎の昼はお手頃価格らしいです。 コピ・ルアック (Wikipedia) メルビル　白鯨 竜涎香 偽ダイヤモンドの見分け方 デビアスの人工ダイヤ… 天然ダイヤ大手のデビアスが手がける人工ダイヤ。1カラット$800 (約88000円)！！！なんと天然ダイヤの1/10の値段です！ How much gold has been mined?…人類が掘り起こした金の総量。ちなみに話題に出てたゲームはペルソナ5です。 Energy and Policy Considerations for Deep Learning in NLP…NLP、Deep LearningとCO2排気量について。 地球温暖化問題と21世紀の気候変動予測 東工大 丸山茂徳 巨大火山噴火が気候・生態系へ及ぼす影響 地球システムモデルによる予測… ピナツボ火山によって地球の平均気温が低下したことなど、空気中のエアロゾルの生成が大きな原因であることを概説している発表スライド。 Behind Kyoto University’s Research. Vol. 2., サバクトビバッタを追って 前野ウルド浩太郎 バッタを倒しにアフリカへ (Amazon)… 上記の前野ウルド浩太郎先生の名著。 蝗害(こうがい)… バッタと人類の戦いの歴史。 Researchat.fmのお便りフォーム…こちらからお便りが送れます。 紹介した本その1: 人類が知っていることの短い歴史 (Amazon) 紹介した本その2: ネアンデルタールは私たちと交配した (Amazon) TED talk: DNA clues to our inner neanderthal (日本語字幕あり) 紹介した本その3: これ

身体改造・身体拡張特集回。ナノ粒子を網膜に打ち込むことで近赤外線が「見える」ように改造されたマウスの論文から始まり、超能力（第六感）、バイオハッキング (Biohacking)、グラインダー (Grinder)、侵襲性・非侵襲性デバイス、自由意志、ニューロハッキングについて話しました。Show note 身体改造・拡張について Embodied Artificial Intelligence -On the role of morphology and materials in the emergence of cognition-. Pfeifer. 2002…Inteligence requires a body. Mammalian Near-Infrared Image Vision through Injectable and Self-Powered Retinal Nanoantennae. Ma et al., Cell, 2019…哺乳類は750nm以上の波長を持つ赤外線域の光を見ることはできない。本論文では、985nm周辺の近赤外線により励起し、580nm周辺の緑の光を放出するナノ粒子を、マウスの光受容体、桿体細胞のouter segment上に外科手術によって注入することで、赤外線を緑色光としてマウスが知覚できる様になったことを示した。ゲノム配列の変化を伴わない、侵襲性生体デバイスのこれからの発展を匂わせる論文である。 ロドプシン… ヒトの「見える」という機能を支えるタンパク質。最近では光によって様々な操作を細胞内で行う光遺伝学という分野において、もっとも重要な位置を占めるタンパク質でもある。 シャコのロドプシン… 本ポッドキャスト内ではシャコのロドプシンは23種類と言ったが、実際には12種類であった。しかし、ヒトの眼には通常、赤、緑、青の光にそれぞれ反応する3種類しかないため、それと比較すると、シャコは驚異的な色覚を持つと予想されていた。しかし、最新の研究では、シャコの色覚は、12種類の光受容細胞からの情報を組み合わせるのではなく、個々の光受容細胞からの情報を単独で処理する単純かつ効率的な機構に頼っていることが判明した。この発見により、シャコが驚異的な色覚を持つという予想は完全に覆された。 Long-term in vivo glucose monitoring us

記念すべき第10回のエピソードは、キーボードを自作する楽しみ、研究における道具や技術を自作するか問題、ゲームコントローラーの改造、Hit Box、超解像顕微鏡の設計と組み立て、マンガについて話しました。Show note Introduction 輝け!!デーモン・コアくん (Youtube) 自作キーボードについて 快適なPC環境を求めて。僕が魅了された「自作キーボード」の世界…自作キーボードの世界についてのわかりやすい解説。 遊舎工房…coelaは今回ここを利用して自作のキーボードを作った。 Happy Hacking Keyboard, HHKB…tadasu, soh, coelaは3人ともにこのHHKBを普段の仕事に使っている。 親指シフト (Wikipedia) 無連想式漢字直接入力 Kinesisキーボード 東プレ Realforce LEOPOLD Keyboard meishiキーボード…coelaが最初に作った自作キーボードのキット。キーが4つで初心者にやさしく、はんだづけ、ファームウエアの書き込みなどを学ぶことが出来る。 Corne Cherry…coelaが二個目に作った自作キーボードのキット。通常のキーボードの40%程のキーしかないコンパクトさ、左右分割、親指で使えるキーが多い、などの特徴がある。LEDの半田付けを除けば初心者のcoelaでも動作するところまで組むことができた(LEDは後に追加することも可)。 メカニカルキーボードをオススメしたい！…メンブレン・メカニカル・静電容量無接点の三種類のキースイッチについて書かれている。Cherry MX（メカニカルキースイッチ）についての解説もあり。 オリジナルのキーキャップを作る…昇華インクとアイロンをつかって自宅で好きな見た目のキーキャップを作る方法を紹介している。昇華インクでオリジナルの絵柄を印刷してくれる業者さんへのリンクもあり。 キーキャップの湯の誘いキーキャップの素材、プロファイル、印字方法などについて詳しく書かれている。他にも勉強になる記事がたくさん。 3D 形状のキーキャップを作った話、あるいは自作 3D キーボードのすヽめ…キーキャップを3Dプリンター使って自作している方もいる。 エルゴノミックキーボードの簡単な歴史… キーボードの変遷について。

シドニー・ブレナー博士特集回（後半）では、顕微鏡を用いた線虫の全細胞系譜追跡の偉業を振り返るとともに、CRISPR-Cas9ゲノム編集法やイメージング技術を用いた最新の細胞系譜追跡技術、技術開発にまつわる世代を超えたアイデアの伝搬とその哲学、顕微鏡（光学系）を使わないイメージング技術の台頭などについて話しました。Show notes The embryonic cell lineage of the nematode Caenorhabditis elegans. Developmental Biology, 1983…Sulstonらによって線虫の全細胞における細胞系譜が初めて明らかにされた記念碑的な論文。Sulstonは4時間に及ぶ顕微鏡観察を毎日2回繰り返すことを何年も続け、959個の細胞系譜を明らかにした。 Jey Shendre…HarvardのGeorge Churchのlabで博士課程の学生だった頃、一発の実験で細胞系譜を一斉に追跡できるテクノロジーを作れ、と言われ無茶苦茶だと思いつつ取り組んだがうまく行かなかった。独立後、ラボメンバーとともにCRISPR-Cas9によるゲノム編集を用いることで当時は不可能だったアイデアを実現させ、それがGESTALT法 (Science 2016)となった。 Whole-organism lineage tracing by combinatorial and cumulative genome editing. Science, 2016…Jey Shendreによる全く新しい細胞系譜の追跡方法。CRISPR-Cas9によるゲノム編集を人工的な配列に引き起こすことにより、生体内で変異パタンを生成させ、このパタンの系統樹を描くことにより細胞系譜を追跡するGESTALT法。ゼブラフィッシュにおける複雑な細胞系譜が顕微鏡を使わず、一度のシーケンシングによって再構成できることを世界で初めて示した。このアイデアに世界中の研究者らが触発され、多くの関連技術群が開発される契機となった。 Synthetic recording and in situ readout of lineage information in single cells. Nature, 2016…Long CaiとMichael ElowitzらによるCRISPR-Cas9と一分子RN

Event Holizon Telescopeによる人類初のブラックホールの観測とその盛り上がり、天文学者の仕事、科学における観測技術の重要性、若手研究者の活躍、マンガについて話しました。本収録はシドニー・ブレナー博士特集回のインターバルをまとめたものです。Show Notes The Event Horizon Telescope (EHT)… EHTの公式サイト 史上初、ブラックホールの撮影に成功 ― 地球サイズの電波望遠鏡で、楕円銀河M87に潜む巨大ブラックホールに迫る (アルマ望遠鏡) 本間希樹先生 (天文学者、TBS 情熱大陸)… 初めてブラックホールを観測した瞬間が映像に残されている Black hole picture captured for first time in space breakthrough (The Guardian) Astronomer slams sexists trying to tear down black hole researcher’s rep… ブラックホールの画像解析アルゴリズムを作成したKatie Boumanを巡る女性差別主義者たちの主張とその否定に関する記事 ソーシャル・ネットワーク (映画) アメリカの大学におけるフラタニティーと呼ばれる社交クラブについて Katie Bouman, What does a black hole look like (TED talk)… 当時MITの博士学生であったBoumanがブラックホールの観測と画像の再構成についてわかりやすく解説しているトーク(英語) Kazunori Akiyama ロザリンド・フランクリン 二重螺旋 完全版 惑星のさみだれ (マンガ)

シドニー・ブレナー博士特集回（前半）。RNAタイクラブ、シドニー・ブレナーによる遺伝暗号解明へのアプローチ、ガモフの仮説、コドンとアミノ酸の対応関係、ファージを用いた遺伝学について、1950~60年初頭に出版された当時の原著論文を紹介し、分子生物学の黎明期における美しい実験や大胆な仮説と発見のドラマについて話しました。Show Notes Sydney Brenner (Microsoft Academic)… シドニー・ブレナー博士の業績一覧 RNA Tie Club… RNAタイクラブでは、DNA上の情報を元にタンパク質が作られる仕組みを解明しようとした。構成メンバー数はアミノ酸の数にならい20人。メンバーは二重らせん柄のネクタイを締めアミノ酸由来のコードネームを持っていた。ガモフ: アラニン、クリック: チロシン、ワトソン:プロリン、ブレナー：バリン。20人中8人がノーベル賞を受賞した。モットーは”do or die; or don’t try”だった。 The most beautiful wrong ideas in science… ガモフのダイアモンド仮説について、当時の状況や考察が書かれている。タイトルが秀逸。 On the impossibility of all overlapping triplet codes in information transfer from nucleic acid to proteins. (Brenner. PNAS, 1957.)… ブレナーが3文字からなるオーバーラップコドン仮説を否定した論文。当時既知であったアミノ酸配列を用いて、簡単な計算からとても美しい回答を出した。付録にあるアミノ酸配列一覧は必見。 Possible Relation between Deoxyribonucleic Acid and Protein Structures. (Gamow. Nature. 1954.) Mattew Meselson… メセルソンはDNAの半保存的複製を同位体標識を用いることで証明した後、mRNAの証明にブレナーとヤコブとともに取り組んだ。ブレナーとヤコブはそれぞれ、線虫の研究とオペロンの研究でノーベル賞を受賞したが、メセルソンは未だ受賞できていない。 An unstable intermediate carrying